Am SBBZ Seeäckerschule werden Schüler*innen der Klassen 1-9 unterrichtet. Die Klassenstufen 1-4 bilden die Grundstufe. Die Klassen 5-9 bilden die Hauptstufe. Es können vereinzelt Jahrgänge zu jahrgangsgemischten Klassen zusammengefasst werden. Die Klassenbildung orientiert sich an pädagogischen Kriterien.

Die Schüler*innen werden von Sonderpädagogen und Fachlehrern für den musischen, künstlerischen, technischen, sportlichen sowie hauswirtschaftlichen Bereich unterrichtet.