In Klasse 5 beginnt die Hauptstufenzeit für die Schüler*innen.
Wie in der Grundstufe werden grundlegender Lern- und Arbeitsweisen, verschiedener Unterrichtsmethoden sowie eine positiven Arbeitshaltung gefestigt und gesichert. Der Schwerpunkt liegt in der Vermittlung von selbständigem und selbstverantwortlichem Arbeiten. Über regelmäßige Lernzielkontrollen erhalten die Schülerinnen und Schüler eine Rückmeldung.

Der wöchentliche Klassenrat ist weiterhin ein sehr wichtiger Baustein des Sozialcurriculums der Seeäckerschule. Er vermittelt personale, soziale, methodische und fachliche Kompetenzen. Auch hier werden die Schüler*innen zunehmend zu selbständigem und eigenverantwortlichem Handeln hingeführt, indem sie
z. B. Protokolle verfassen, Gespräche leiten und Abläufe planen. Ziel ist es ebenso, durch die im Klassenrat erworbenen und ausgebauten Kompetenzen, auch außerhalb des geschützten Rahmens Probleme möglichst selbständig lösen zu können.

Neu sind in der Hauptstufe die Fächerverbünde Natur – Technik, Wirtschaft – Arbeit –Gesundheit, Welt – Zeit – Gesellschaft und Musik – Sport –  Gestalten, in denen u. a. die Vorbereitung auf den Beruf angebahnt wird. Abgesehen vom gemeinsamen Unterricht erledigen die Schülerinnen und Schüler in den Fächern Sprache – Deutsch / Moderne Fremdsprache und Mathematik Aufgaben individueller Arbeitspläne.

Im Versetzungszeugnis erhalten die Schüler*innen Noten in den einzelnen Fächern und Fächerverbünden sowie eine verbale Beurteilung  der „Arbeitshaltung, Selbständigkeit“ und der „Zusammenarbeit in der Klassen- und Schulgemeinschaft“.

Ein wesentlicher Bestandteil ist weiterhin die „Individuelle Lern- und Entwicklungsbegleitung“. In diesem Rahmen führen Eltern, Schüler*innen sowie Lehrkräfte gemeinsam mindestens zweimal im Schuljahr Schulische Standortgespräche, in denen Förderziele festgelegt und Förderpläne erstellt werden. Zur persönlichen Vorbereitung füllen alle am Gespräch Beteiligten einen Einschätzungsbogen aus. Auch hier hat die Erziehung zur Selbständigkeit einen großen Stellenwert, indem die Schülerinnen und Schüler lernen, sich selbst richtig wahrzunehmen und einzuschätzen.